Le fleuve Saint-Jean, d'une longueur de 673 km, prend sa source dans le Nord du Maine et coule vers le nord-est à travers les forêts du comté de Madawaska jusqu'à Edmundston, où il reçoit les eaux de la rivière Madawaska avant de bifurquer vers le sud-est. Le fleuve Saint-Jean forme la plus grande partie de la frontière entre le Maine et le Nouveau-Brunswick. Son bassin hydrographique couvre une superficie de 55 400 km2 dont 20 000 aux États-Unis, et son débit moyen est de 1100 m3/s. Après la jonction avec son principal affluent, la rivière Tobique, il se dirige vers l'est au sud de Woodstock.

Le fleuve Saint-Jean fut d'abord appelé Oo-lahs-took, « belle rivière », par les Malécites qui habitaient ses berges. Son cours est généralement tranquille, sauf pour les chutes de Grand-Sault (25 m) et de Beechwood (18 m), dont le potentiel hydroélectrique est exploité. Le fleuve coule vers l'est après Frederiction et Oromocto en s'élargissant progressivement et en bifurquant vers le sud dans une magnifique vallée. Dans son cours inférieur, de nombreuses îles allongées et basses se sont formées par les dépôts de limons et ont été façonnées par les courants.

Près de la ville de Saint-Jean, le fleuve se déverse dans le lac Long Reach, un lac étroit, et reçoit les eaux de la rivière Kennebecasis en provenance du nord-est. À Saint-Jean, les puissantes marées de la baie de Fundy (voirBaie de Fundy et golfe du Maine) renversent le cours du fleuve, qui remonte dans une gorge étroite appelée les Chutes réversibles. De Monts et Champlain débarquent dans le havre de Saint-Jean et baptisent le fleuve le 24 juin 1604, jour de la Saint-Jean.

La Tour construit un fort à l'embouchure du fleuve en 1630, mais la colonisation de la vallée commence réellement avec l'arrivée des loyalistes en 1783. Au début du XIXe siècle, le fleuve sert au transport du bois de Madawaska jusqu'à Saint-Jean en passant par Grand-Sault. C'est ce qui a fait de Saint-Jean l'un des ports les plus prospères de l'Amérique du Nord britannique.