Le fleuve Yukon, long de 3185 km (dont 1149 km au Canada), est le cinquième plus grand fleuve de l'Amérique du Nord. Il prend sa source dans le lac Tagish, à la frontière Nord de la Colombie-Britannique, s'écoule en direction nord et nord-ouest et traverse le Territoire du Yukon jusqu'en Alaska. De là, il forme un grand arc en direction ouest et aboutit à Norton Sound, sur la mer de Béring. En Alaska, le fleuve a une superficie de drainage (voirBassin hydrographique) d'environ 800 000 km2 et un débit moyen de 2 300 m3/s.

Au Canada, quatre principaux tributaires alimentent le fleuve, drainant une vaste superficie du Territoire du Yukon. La rivière Teslin (393 km) prend sa source dans le lac Teslin, à la frontière de la Colombie-Britannique, et rejoint le Yukon au nord du lac Laberge. La rivière Pelly (608 km) prend naissance dans la chaîne Selwyn, à l'est, puis descend jusqu'au fleuve, à Fort Selkirk. La rivière White (320 km) draine les eaux glaciaires du Sud-Ouest et la rivière Stewart (644 km) naît dans le massif oriental, dans le district minier de Mayo et de Keno Hill. En Alaska, les principaux tributaires sont la rivière Porcupine (721 km), qui a sa source dans le nord-ouest du Territoire du Yukon, la Tanata venant du sud et la Koyukuk venant du nord.

Le Yukon a un cours lent, anostomosé et peu profond, sauf quand il est gonflé par les crues printanières. Il a une pente d'écoulement uniforme et peu de rapides. Ceux du canyon Miles, autrefois si menaçants pour les prospecteurs du Klondike, ont été noyés par un aménagement hydroélectrique. De Fort Selkirk à Dawson, le fleuve est ponctué d'îles boisées, et ses passages longs et larges se faufilent entre les montagnes. Au-delà de Dawson, la vallée se rétrécit puis, en passant par l'Alaska, s'élargit pour former un vaste plateau marécageux.

Dès 1831, des commerçants de fourrures russes connaissaient l'embouchure du fleuve. Robert Campbell, un commerçant de la Compagnie de la baie d'Hudson (CBH), en explore le cours supérieur. Il explore la rivière Pelly et établit un poste sur le fleuve, à Fort Selkirk, en 1848. Quant à John Bell, aussi de la CBH, il atteint le fleuve en 1846 en passant par la Porcupine. Durant trois mois de l'année, le Yukon est navigable à partir de son embouchure jusqu'à Whitehorse (environ 2860 km). Dans les années 1860, des navires à vapeur y effectuent des voyages. Une vingtaine au moins sont en service en 1900, à la belle époque de la ruée vers l'or du Klondike. Aujourd'hui, les navires à vapeur ont fait place aux services routiers et aériens.

On croit que le bassin du Yukon est la principale route de migration qu'empruntèrent les premiers occupants de l'Amérique (voirPréhistoire). La région demeure cependant peu habitée. Des milliers d'Autochtones y maintiennent leur style de vie traditionnel et sont, au moins partiellement, dépendants de la chasse et du trappage. Les forêts de petits conifères suffisent aux besoins de la localité, mais leur croissance trop lente ne peut soutenir une industrie viable. On pratique peu l'agriculture. Le fleuve, avec ses paysages splendides et son isolement, attire les visiteurs. Il est le premier à porter le nom de Yukon, qui vient de Yu-kun-ah, un mot de la tribu des Gwich'in signifiant « grande rivière ».